2026年10月、インボイス経過措置のスケジュールが変わる

2023年10月にスタートしたインボイス制度（適格請求書等保存方式）は、2026年10月に一つの節目を迎えます。インボイス制度の基本については「インボイス制度　まとめ記事」で解説していますので、制度そのものを確認したい方はあわせてご覧ください。免税事業者（インボイスを発行できない取引先）からの仕入れに適用できる仕入税額控除の割合が、現行の80%から引き下げられるためです。

当初は2026年10月から50%への一気引き下げが予定されていましたが、令和8年度税制改正法案（2026年3月末成立見込み）によって段階的な経過措置に変更される予定です。スケジュールは以下の通りです。

期間	免税事業者からの仕入税額控除割合
2023年10月〜2026年9月	80%控除
2026年10月〜2028年9月	70%控除（当初予定の50%から緩和）
2028年10月〜2030年9月	50%控除
2030年10月〜2031年9月	30%控除
2031年10月〜	0%（経過措置終了）

「まだ先の話」と思いがちですが、2026年10月まであと半年ほどです。取引先のインボイス登録状況の確認や社内の経理対応を今から進めておかないと、変更直前で対応が追いつかなくなります。

 

中小企業の経理担当に何が増えるか

日本商工会議所が2024年9月に実施した調査によると、インボイス制度の導入後、約82.2%の事業者が事務負担の増加を感じています（出典：日本商工会議所「中小企業におけるインボイス制度、電子帳簿保存法、バックオフィス業務の実態調査」2024年9月）。

2026年10月の変更でさらに負担が増えやすいのは、次の3つの業務です。

取引先のインボイス登録状況の管理

仕入れや外注費を支払う取引先が登録済み事業者かどうかを、請求書を受け取るたびに確認する必要があります。登録していない取引先からの仕入れは、経過措置の変更に合わせて控除割合が段階的に変わるため、その都度経理処理の方法も更新が必要です。

消費税仕訳・会計ソフト設定の複雑化

2026年10月以降は「80%控除の取引（前期繰越）」「70%控除の取引」が混在します。2028年10月以降は「50%控除の取引」も加わります。会計ソフトの税区分設定が正しく更新されていないと、消費税の申告に誤りが生じます。

免税事業者への対応交渉とその記録

自社の税負担を抑えるため、免税事業者の取引先にインボイス登録への転換をお願いするか、登録しない場合は価格の見直し交渉を行うケースがあります。この交渉の結果や価格変更の履歴を経理と連動して管理しておかないと、年度末の決算処理で整合が取れなくなります。

 

取引先の状況によって対応が3パターンに分かれる

2026年10月の変更に向けてやるべきことは、取引先の状況によって異なります。

① 取引先がインボイス登録済みの場合

仕入税額控除は原則として100%のままです。ただし、登録番号が請求書に記載されているか、会計ソフトに正しく登録されているかをあらためて確認してください。

② 取引先が免税事業者のままの場合

2026年10月以降は70%控除になります。仕入れ金額が大きい取引先については、インボイス登録への転換をお願いするか、価格の見直しを検討する必要が出てきます。

③ 取引先が登録済みかどうかわからない場合

これが最も多いパターンです。国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で登録番号を検索することで確認できます。外注先や下請け業者が多い建設業・製造業・運輸業では、この確認作業だけでかなりの工数になります。

なお、インボイス制度と並行して対応が必要な電子帳簿保存法についても、「電子帳簿保存法に対応できていますか？経理代行に任せるメリットと注意点」で解説していますので、あわせてご確認ください。

 

経理代行に任せると何が変わるか

GrowUpの経理代行サービスでは、インボイス関連の実務を含む帳簿管理・消費税仕訳・月次レポートをまとめてお引き受けしています。

会計ソフトの税区分設定・変更対応

freeeやマネーフォワードなどのクラウド会計ソフトで、経過措置の変更スケジュールに合わせた税区分設定を行います。2026年10月・2028年10月と控除率が変わるたびに設定を更新する必要があるため、専門スタッフが対応することで設定ミスを防ぎます。

取引先のインボイス登録確認・記録管理

月次の仕訳作業の中で、新規取引先のインボイス登録状況を確認します。登録番号の確認から会計ソフトへの記録管理まで含めて対応します。

消費税申告サポート

経過措置の控除割合が複数に分かれている時期は、消費税の集計が特に複雑になります。税理士と連携した帳簿管理で、申告前のチェック作業もスムーズに進められます。経理代行をお引き受けしたお客様からは、会計の完成がスムーズになり、より近い時期の会社の状況を数字で把握できるようになったとのお声をいただいています。

 

2026年10月に向けた行動のタイムライン

変更まであと半年以内です。今から優先して進めておくべきことをまとめます。

今すぐ（2026年3〜4月）

• 毎月仕入れ・外注費を支払っている取引先のインボイス登録状況を一覧化する
• 会計ソフトの税区分設定が2026年10月以降に対応しているかを確認する

2026年6〜9月

• 免税事業者の取引先への対応方針（登録転換の依頼または価格見直し）を決める
• 社内の経理処理フローを2026年10月仕様に更新する

2026年10月以降

• 70%控除に基づく仕訳処理を開始する
• 次の変更（2028年10月の50%への引き下げ）に備えた準備を始める

 

まとめ

インボイス制度の経過措置変更は「取引先の確認・会計ソフトの設定更新・消費税仕訳の整理」の3つをまとめて見直す機会です。これらを社内の経理担当者が単独で進めるには、制度理解と実務対応の両方が求められます。

「うちの取引先のインボイス状況をどう整理すればいいか」「会計ソフトの設定変更を正しく行えるか不安」という方は、ぜひ一度ご相談ください。GrowUpでは、月次の経理業務をまとめてお引き受けしながら、制度変更への対応もサポートしています。

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